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甲硝唑主要是用于治療腸道和腸外的阿米巴病，比如說阿米巴肝膿腫，胸膿阿米巴病還可以用于治療陰道滴蟲病，小袋蟲病和皮膚利什曼病，麥地那龍線蟲感染等等。
目前咱們還廣泛的用于厭氧菌感染的治療，在臨床上大家都是用它來治療這種厭氧菌的感染，在治療厭氧菌感染的時候是口服每天0.6到1.2克，也就是說屬于三片到六片藥，分三次服用，七到十天是一個療程，小兒對于厭氧菌感染口服的時候，每天按每公斤體重是二十到五十毫克每千克。
藥物會出現一些不良反應比如說消化道反應是最為常見的，如惡心嘔吐，食欲不振，腹部的絞痛一般不影響治療，還有就是神經系統癥狀有頭暈，眩暈，偶有感覺異常肢體麻木，功計失調多發性的神經炎，當大劑量的時候能可以導致抽搐。
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